Seniūnija įkurta 1959 m. Iš pradžių ši vietos valdžios institucija turėjo įvairius kitokius pavadinimus, o nuo 2000 m. pavadinta Juknaičių seniūnija. Seniūnijos teritorijoje yra 26 kaimai, 3 seniūnaitijos. 2 didesni kaimai – Juknaičių ir Pašyšių, kuriuose gyvena 58 proc. seniūnijos gyventojų. Iš viso seniūnijoje gyvenamąją vietą deklaravę 2283 gyventojai.
1897 m. Juknaičiuose gimė Mažosios Lietuvos lietuvių visuomenės veikėjas E. Simaitis, kuris mokytojavo Pašyšių pradinėje bei kitose Klaipėdos krašto mokyklose ir jose pirmas pradėjo dėstyti lietuvių kalbą. 1904–1906 m. buvusioje Paleičių mokykloje mokytojavo Fridrichas Bajoraitis. 1920 metais Juknaičiuose gimė žymus vokiečių tapytojas, grafikas Horstas Skodlerakas (vok. Horst Skodlerrak). Okslindžiuose gyveno ilgametis Šilutės apskrities viršininkas Karolis Augustas Ozelis, Pašyšiuose – surinkimininkų sakytojai Kristupas Butkeraitis, Skrandys, Šermonas, kunigas Ramutis Janšauskas, Tarvyduose – finansininkas, Pamario krašto kultūros ir sporto rėmėjas Horstas Herbertas Kubutaitis. Juknaičiuose gyveno ir mokėsi 1992 m. Barselonos vasaros Olimpinių žaidynių laimėtojas Romas Ubartas. Juknaičių seniūnijos garbės pilietis Zigmantas Dokšas dirbo nuo 1964 metų ir sukūrė Juknaičių gyvenvietę.
1910 metais pastatyta ir pašventinta Pašyšių evangelikų liuteronų bažnyčia, turėjusi įdomios formos aštuoniakampį bokštą bei tris vario varpus (šiuo metu ši bažnyčia neveikianti, jos patalpose įsikūrusi parduotuvė). Vyžių Evangelikų liuteronų bažnyčiai kampinis akmuo padėtas 1865 metais. Iškilo stačiakampė gotiško–romantiškojo stiliaus vienabokštė bažnyčia. 1993 metais kunigų E. Rogos ir L. Fetingio suburti parapijiečiai maldos namus prikėlė naujam gyvenimui. 2007 metais šiuose maldos namuose įkurtas reabilitacijos centras „Gabrielius“. 1993 metais Juknaičių savarankiško gyvenimo namuose buvo įrengta Šv. Jono Krikštytojo koplytėlė. Pakeliui į Juknaičius, kairėje kelio Šilutė–Jurbarkas pusėje, yra Alkos piliakalnis. Tai aukščiausias žemės pylimas Šilutės apylinkėse – 33,5 m virš jūros lygio. Per seniūnijos teritoriją teka Leitė, Šyša ir Nemunas. Vakarinė seniūnijos teritorija priklauso Nemuno deltos regioniniam parkui. Šia teritorija eina dviračių takas „Nemuno vėrinys“ („Nemuno žiedas“). Vakarinėje dalyje yra išlikę senosios Šilininkų muitinės pastato pamatai-cokolis ir pro Šilininkus ėjusio akmenimis grįsto plento ruožas iki Nemuno. Kiek žinoma, Lietuvos Respublikos muitinė buvo įrengta prie senosios perkėlos per Nemuną. Šilininkų apylinkių gyventojai čia ilgus amžius keldavosi per Nemuną į savo parapijos bažnyčią Kaukėnuose kitame upės krante. Pati Juknaičių gyvenvietė 1999 metais įrašyta į vietinį kultūros vertybių registrą. 2009 metais Juknaičių gyvenvietė-parkas įregistruota Kultūros paveldo vertybių registre. 2021 metais Kultūros paveldo objekto apsauga panaikinta. 2010 metais gyvenvietei suteiktas valstybinės reikšmės parko statusas. Seniūnijos centrą puošia skulptūros „Žirgas ir sakalas“, „Visata“, „Polėkis“, „Jaunystė“, „Liepsna“, „Eglė ir Žilvinas“, „Motinystė“, kurių autorius Stanislovas Kuzma. Kraštovaizdis yra žmogaus ir vietos savasties dalis, vietos kultūros pamatas ir vienas svarbiausių individualios ir socialinės gerovės elementų Juknaičiuose. Tęsiama Naujagimių giraitės sodinimo tradicija. Yra Abiturientų, Dainuojančių klevų, Europos, Vasario16-osios ir Lietuvos 1000-mečio beržų giraitės. Šiaurinėje gyvenvietės dalyje renovuota gyvenvietės parko estrada – amfiteatras kultūriniams renginiams rengti.
Seniūnijoje veikia keletas privačių bendrovių, Šilininkuose yra poilsiavietės. Juknaičiuose įsikūręs Karaliaus Mindaugo profesinio mokymo centro Juknaičių skyrius. Seniūnijos teritorijoje yra Juknaičių pagrindinė mokykla, kuri teikia bendrąjį pagrindinį mokymą ir ikimokyklinį ugdymą. Prie Juknaičių pagrindinės mokyklos prijungtos ikimokyklinės grupės, teikiančios ikimokyklinį ir priešmokyklinį ugdymą. Yra Šilutės PSPC Juknaičių skyrius, medicinos centro „Puriena“ Juknaičių filialas. Seniūnijos teritorijoje veikia 5 parduotuvės.
Seniūnijoje aktyviai veikia nevyriausybinės visuomeninės organizacijos – Juknaičių, Pašyšių ir Leitgirių bendruomenės.
Rengiama tradicinė seniūnijos šventė „Visada jauni“, sodinama Naujagimių giraitė, vyksta valstybinių švenčių – Vasario 16-osios, Kovo 11-osios, Lietuvos karaliaus Mindaugo karūnavimo – minėjimai, Senjorų dienos šventė, Kalėdų eglės įžiebimo šventė, Kalėdinis krepšinio turnyras „Kalėda“ ir kt. Seniūnijoje verda kultūrinis gyvenimas: moterų ansamblis „Vėjūnė“, vadovė Jūratė Šukienė, 2023 metais 20-metį atšventęs šokių kolektyvas „Juknaičiai“, vadovė Loreta Margarita Černeckienė ir daug kitų.
Juknaičių seniūnija garsėja gražiomis sodybomis, šiam kraštui būdingais pastatais. Seniūnijoje vyksta lauko tinklinio, lauko krepšinio, futbolo varžybos. Parkas garsėja medžių ir krūmų įvairove. Galima pailsėti ir pažvejoti prie tvenkinio. V. ir R. Aleknų bare „Prūsija“ vyksta užsakomieji banketai, pobūviai. Naujam gyvenimui atstatomas buvęs sveikatingumo kompleksas. Dabar veikia VšĮ „Kalbantys sodai“.
Turiningai laiką praleisti galima Šilutės r. sav. Fridricho Bajoraičio bibliotekos Juknaičių filiale, kur galima pasinaudoti stacionariu ir belaidžiu internetu. Pašyšiuose veikia šaltinis-fontanas, kuris laikomas nepaprastu ir gydomuoju. Pavasarį įdomu stebėti ledonešį Nemune, užliejamas pievas.
