Seniūnija įkurta 1959 m. Iš pradžių ši vietos valdžios institucija turėjo įvairius kitokius pavadinimus, o nuo 2000 m. pavadinta Juknaičių seniūnija. Seniūnijos teritorijoje yra 26 kaimai, 11 seniūnaitijų, 2 gyvenvietės - Juknaičių ir Pašyšių, kuriose gyvena 65% seniūnijos gyventojų. Iš viso seniūnijoje gyvena 3348 gyventojai.
1897 m. Juknaičiuose gimė Mažosios Lietuvos lietuvių visuomenės veikėjas E. Simaitis, kuris mokytojavo Pašyšių pradinėje ir kitose Klaipėdos krašto mokyklose bei pirmas pradėjo dėstyti lietuvių kalbą šiose mokyklose. 1904-1906 m. buvusioje Paleičių mokykloje mokytojavo Fridrichas Bajoraitis. 1920 metais Juknaičiuose gimė žymus vokiečių tapytojas, grafikas Horstas Skodlerakas (vok. Horst Skodlerrak). Okslindžiuose gyveno ilgametis Šilutės apskrities viršininkas Karolis Augustas Ozelis, Pašyšiuose – surinkimininkų sakytojai Kristupas Butkeraitis, Skrandys, Šermonas, kunigas Ramutis Janšauskas, Tarvyduose – finansininkas, Pamario krašto kultūros ir sporto rėmėjas Horstas Herbertas Kubutaitis. Juknaičiuose gyveno ir mokėsi 1992 m. Barselonos vasaros Olimpinių žaidynių laimėtojas Romas Ubartas. Juknaičių seniūnijos garbės pilietis Zigmantas Dokšas. Dirbo nuo 1964 metų ir sukūrė Juknaičių gyvenvietę.
1910 metais pastatyta ir pašventinta Pašyšių Evangelikų liuteronų bažnyčia, turėjusi įdomios formos aštuoniakampį bokštą bei tris vario varpus (šiuo metu ši bažnyčia neveikianti, jos patalpose įsikūrusi parduotuvė). Vyžių Evangelikų liuteronų bažnyčiai kampinis akmuo padėtas 1865 metais. Iškilo stačiakampė, gotiško–romantiškojo stiliaus, vienabokštė bažnyčia. 1993 metais kunigų E. Rogos ir L. Fetingio suburti parapijiečiai maldos namus prikėlė naujam gyvenimui. 2007 metais šiuose maldos namuose įkurtas reabilitacijos centras „Gabrielius“. 1993 metais Juknaičių savarankiško gyvenimo namuose buvo įrengta Šv. Jono Krikštytojo koplytėlė. Pakeliui į Juknaičius, kairėje kelio Šilutė-Jurbarkas pusėje yra Alkos piliakalnis. Tai aukščiausias žemės pylimas Šilutės apylinkėse - 33,5 m virš jūros lygio. Per seniūnijos teritoriją teka Leitė, Šyša ir Nemunas. Vakarinė seniūnijos teritorija priklauso Nemuno deltos regioniniam parkui. Šia teritorija eina dviračių takas „Nemuno vėrinys“ („Nemuno žiedas“).Vakarinėje dalyje yra išlikęs senosios Šilininkų muitinės pastato pamatai-cokolis bei pro Šilininkus ėjusio akmenimis grįsto plento tąsa iki Nemuno. Kiek žinoma, Lietuvos Respublikos muitinė buvo įrengta prie senosios perkėlos per Nemuną. Šilininkų apylinkių gyventojai čia ilgus amžius keldavosi per Nemuną į savo parapijos bažnyčią Kaukėnuose–kitame upės krante. Pati Juknaičių gyvenvietė 1999 metais įrašyta į vietinį kultūros vertybių registrą. 2009 metais Juknaičių gyvenvietė-parkas įregistruotas Kultūros paveldo vertybių registre. 2010 metais gyvenvietei suteiktas Valstybinio parko statusas. Seniūnijos centrą puošia skulptūros „Žirgas ir sakalas“, „Visata“, „Polėkis“, „Jaunystė“, „Liepsna“, „Eglė ir Žilvinas“, „Motinystė“. Pastatų interjerus puošia žymių autorių freskos, gobelenai, keramika. Kraštovaizdis yra žmogaus ir vietos savasties dalis, vietos kultūros pamatas ir vienas svarbiausių individualios ir socialinės gerovės elementų Juknaičiuose. Kasmet sodinama Naujagimių giraitė. Yra Abiturientų, Dainuojančių klevų, Europos, Vasario16-osios ir Lietuvos 1000-mečio beržų giraitės. Šiaurinėje gyvenvietės dalyje renovuota gyvenvietės parko estrada – amfiteatras kultūriniams renginiams rengti.
Seniūnijoje veikia keletas privačių bendrovių, Šilininkuose yra poilsiavietė su 35 pastatais. Juknaičiuose įsikūręs Kauno paslaugų verslo darbuotojų profesinio rengimo centro Juknaičių skyrius. Seniūnijos teritorijoje yra 2 pagrindinės mokyklos. Prie Juknaičių pagrindinės mokyklos veikia 2 ikimokyklinės ir 1 priešmokyklinė grupė. Yra VšĮ Juknaičių ambulatorija, vaistinė. Seniūnijos teritorijoje veikia 7 parduotuvės.
Seniūnijoje aktyviai veikia nevyriausybinės visuomeninės organizacijos – Juknaičių, Pašyšių ir Leitgirių bendruomenės, Juknaičių ir Pašyšių jaunimo klubai, Sporto klubas.
Rengiamos tradicinės seniūnijos šventės „Visada jauni“, „Susirinkime visi“, Naujagimių giraitės sodinimas, valstybinių švenčių–Vasario 16-osios, Kovo 11-osios, Mindaugo karūnavimo minėjimai, Kalėdų eglės įžiebimo šventė, buvusių kaimo gyventojų susitikimai, Kalėdinis krepšinio turnyras „Kalėda“ ir kt. Seniūnijoje verda kultūrinis gyvenimas: 20-metį atšventė šokių kolektyvas „Juknaičiai“, vadovė Loreta Margarita Černeckienė, moterų ansamblis „Vejūnė“, vadovė Jūratė Šukienė, mokyklos folklorinis ansamblis, vadovė Rasa Gailiuvienė ir daug kitų.
Juknaičių seniūnija garsėja gražiomis sodybomis, šiam kraštui būdingais pastatais. Seniūnijoje gali vykti lauko tinklinio, lauko krepšinio, futbolo regioninės varžybos. Parkas garsėja medžių ir krūmų įvairove. Galima pailsėti ir pažvejoti prie tvenkinio. V. ir R. Aleknų bare „Prūsija“ vyksta užsakomieji banketai, pobūviai. Turiningai laiką praleisti galima bibliotekoje, kur galima pasinaudoti stacionariu ir bevielii internetu. Pašyšiuose veikia šaltinis fontanas, kuris laikomas nepaprastu ir gydomuoju. Pavasarį įdomu stebėti ledonešį Nemune, užliejamas pievas.
